La Secretaría de Desarrollo Económico fue creada formalmente con la expedición de la "Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México" promulgada el 17 de septiembre de 1981 y aún vigente, la cual, enumera en su artículo 19, la totalidad de las secretarías que conforman el gabinete del Gobernador del Estado de México.
En 2005, una de las importantes reformas a la estructura de dicha secretaría consistió en la creación, por parte del entonces gobernador Enrique Peña Nieto del "Instituto Mexiquense del Emprendedor", que de esa manera desconcentraba las funciones de impulso a la pequeña y mediana empresa dentro de dicho estado.
Conforme a la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México, la "Secretaría de Desarrollo Económico es la dependencia encargada de regular, promover y fomentar el desarrollo económico del Estado", de ahí que sea la encargada de asesorar al gobernador en materia de programas y políticas públicas que fomenten las actividades industriales, mineras y comerciales; la inversión; desarrollo de la industria agraria; desarrollo económico y promoción de dichas actividades. Está regida y tiene a su cargo la aplicación de las siguientes leyes:
- Reglamento de Fomento Económico del Estado de México
- Reglamento de Mejora Regulatoria y de Atención a la Actividad Empresarial.
- Reglamento Interior de la Secretaría de Desarrollo Económico
- Manual General de Operación de la Secretaría de Desarrollo Económico
- Ley de Mejora Regulatoria del Estado de México y sus municipios.
- Ley de Fomento Económico del Estado de México.